Falta de infraestructura, alimentación escolar deficiente, menajes, transporte, hacinamiento y falta de personal, son los principales problemas que aquejan a las instituciones educativas que han implementado la jornada única en Cartago. Esta problemática fue analizada en el Concejo municipal donde rectores, estudiantes y padres de familia expusieron las dificultades que tienen los directivos para cumplir con el mandato del ministerio de Educación nacional de implementar la jornada única de manera progresiva.
Jorge Agrado R., Rector I.E. Indalecio Penilla nos explica que el ministerio de educación toma un funcionario de sus diferentes reuniones que le indica a un candidato (rector de colegios públicos) que empiecen la jornada única con algún grupo de los pertenecientes a su colegio. Por esta razón, varios colegios del municipio tienen un desorden en sus horarios a aparte de evidenciar que el programa de jornada única no es práctico.
El rector de la institución señaló que si todos los colegios hubiesen entrado en jornada única, la situación hoy sería mucho más complicada. Esto porque no se han cumplido con varios compromisos pendientes en los centros educativos de administraciones anteriores. Además, se siente como un chantaje, debido a que prometen beneficios para los alumnos que no se cumplen a nivel departamento y gobierno estatal. Y si lo hacen es de forma mínimo o irregular. En la I.E. Ciudad Cartago que fue la primera en implementarla, la situación es mucho más complicada. Hay deficiencias en todos los campos.
Yorman Ospina, C.D. Ciudad Cartago invita a que la personería del municipio visite la institución educativa para que vea el almacenamiento de alimentos, la falta de un acompañante adulto en el transporte de los buses aparte del conductor y otros incumplimientos de infraestructura. Los rectores concluyeron que los gobiernos nacional, departamental y municipal, aún tienen una gran deuda social con la educación de Cartago. Donde se evidencia personal administrativo para el manejo del restaurante, aseo y conducción. Asimismo, la infraestructura es irregular e inadecuada.